下设消化病区（2个病区共计74张病床）、内镜中心（7个诊疗室）、专科门诊（8个诊室）、胃肠动力研究室和GCP临床药物试验室。科室拥有高水平的专科医疗技术团队和消化系疾病、消化内镜诊治能力，特别是内镜下的各种微创治疗及无痛内镜的开展，目前无痛内镜的覆盖率达90%，居全国领先水平。